Pizarro fue íntimo por dos años en los que marcó 25 goles. En su paso por la institución victoriana cosechó más elogios que títulos, solo pudo ser subcampeón en 1999, pero poco a poco empezaba a forjar su camino hacia la internacionalización. El Werder Bremen ya le había puesto la puntería y luego ser galardonado por el IPD como el mejor jugador del año 99 agarro sus chivas y se fue a Alemania a forjar la leyenda del Bombardero de los Andes.
Dos temporadas y 38 goles en el Bremen le sirvieron al delantero para dar el gran salto a un grande de Alemania y el Bayern Munich lo acogió con los brazos abiertos en 2001. En su primera temporada Claudio marcó 15 goles y participó en la obtención de la Copa Intercontinental de ese año que el Bayern le ganó a Boca Juniors (1-0).
Luego de ese auspicioso debut los títulos y los elogios empezaron a caer como gotas de lluvia. En 2003 Pizarro levantó el trofeo de la Bundesliga y la Copa Alemana. En 2004 ganó la Copa de la Liga, los dos años siguientes repitió el doblete Bundesliga y Copa Alemana. En el año de su despedida del Bayern (2007), con 100 goles en la mochila, el atacante solo obtuvo la Copa de la Liga.
Pizarro regresó a Múnich y para lograr los títulos más importantes de su carrera. Ni bien llegó se hizo con la Supercopa de Alemania. Al año siguiente Pizarro llegó al Olimpo del fútbol mundial. De la mano de Jupp Heynckes y el ballet bávaro del Bayern y con 35 años a csuestas, ganó la Champions League, el Mundial de Clubes, la Bundesliga y la Copa Alemana. Por si fuera poco a la llegada del nuevo técnico Pep Guardiola levantó la Supercopa de la UEFA logrando algo histórico para el club germano.
Además de todos estos campeonatos Pizarro es el máximo goleador extranjero en la historia de la Bundesliga con 169 goles, el segundo máximo goleador latinoamericano en Copas Europeas con 48 goles, el máximo goleador peruano en Europa al anotar 244 goles en torneos oficiales de Liga, Copas Nacionales y Copas Internacionales y el extranjero con más partidos en la Bundesliga con 356 encuentros.
Sin duda una carrera llena de logros que seguro seguirá cosechando por algunos años más.