Universitario de Deportes es el ganador del Torneo Apertura tras vencer a Sporting Cristal en el Estadio Nacional. Sin embargo, existen dudas sobre cuáles son los beneficios de ganar ese torneo, si se debería llamar 'campeón' y cómo definirá a fin de año el Descentralizado 2016.
El Descentralizado 2016 tiene 44 fechas que se dividen en tres etapas: Torneo Apertura, Torneo Clausura y Liguillas. Solo existirá una tabla de posiciones, por lo que el puntaje de las tres etapas se acumula.
Torneo Apertura
Se juegan 15 fechas y el equipo que quede en el primer lugar clasifica a la Copa Sudamericana 2017.
Torneo Clausura
Tras las 30 fechas (se suman las 15 primeras del Torneo Apertura) el club que esté en la primera posiciones logra el segundo cupo a la Copa Sudamericana 2017. Si en ambos torneo gana el mismo equipo, será el que esté en el segundo lugar del acumular el que logre la el cupo internacional.
Liguillas
Terminado el Torneo Clausura, se formarán dos grupos de 8 equipos cada uno con la siguiente distribución, siempre viendo la tabla acumulada:
Liguilla A: puestos 1, 3, 5, 7, 10, 12, 14, 16
Liguilla B: puestos 2, 4, 6, 8, 9, 11, 13, 15
Las liguillas comenzarán con el puntaje acumulado que obtuvo cada equipo en las dos primeras etapas del Descentralizado 2016 y será en formato de ida y vuelta, pero solo existirá una tabla de posiciones acumulada. Los cuatro primeros clasifican a los playoffs.
Playoffs
Semifinales: los cuatro primeros de enfrentarán en dos llaves: el primero contra el cuarto y el segundo frente al tercero en dos partidos de ida y vuelta.
Tercer puesto: los perdedores se enfrentan en un solo partido en una sede neutral.
Final: los ganadores se enfrentan en partido de ida y vuelta. Se tomarán en cuenta los goles anotados de visita. De persistir el empate se definirá al campeón en los penales.
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